Pues ya he trasteado algo, que al final era tirarse a la piscina y empezar a probaros si no no avanzaba.
Me voy respondiendo a mis dudas principales por si a alguien le sirve en un futuro. Aunque ya SrWir me respondió a todo, lo dejo un poco más claro:
- Respecto a la copia de seguridad con QCMA se puede hacer sin tener que estar pirateado, aunque a mi por lo menos no me dejó hacerlo hasta que actualicé a la 3.60. No se lo completa que será. Después, ya pirateada con molecular shell o vita shell se puede hacer una copia de todos los archivos de la PS Vita.
- Del tema de la activación, cuando se piratea no se pierde, por lo que tras piratearla e instalar vitashell es cuando hay que copiar los archivos de activación que en algún hilo del foro explica cuáles son y en YouTube hay vídeos muy buenos.
- De mi duda inicial de que versión, recomiendo la 3.60 que es a la que están sacando todos los repositorios, y actualizarlo con el método de la DNS es muy fácil y cómodo.
Y solo un apunte más, tras piratearla e instalarle HENkaku, recomiendo si se quiere poner la micro SD con SD2vita hacerlo en ese momento pues más tarde con más cosas instaladas suele dar problemas y he visto que hay gente que tiene que formatear la PS vita
Saludos y gracias a todos los que vais subiendo la info al foro