Los trofeos no se perderán, no te preocupes.
En cuanto a los saves, si decides pasarlos a un pendrive, juego por juego, hay juegos concretos que no te dejará, por ejemplo, a mi me pasó con el Killzone 2 y el Street Fighter IV, el Resident Evil 5 lo desconozco porque no lo tengo, pero que no te extrañe que no se pueda, pero vamos, que son 4 juegos los que no se pueden, todos los demas podrás copiarlos sin problema.
Lo que creo que podrias hacer para no perder esos saves, es en vez de ir pasando estos saves a un pendrive, hacer una copia de seguridad del HD que quieres cambiar en un disco externo que tengas por ahi o un pendrive y luego restaurarlo.
Un saludo!!!