Pasos básicos:
-Bájate el GeckoOS de
http://wiibrew.org/wiki/GeckoOS-Crea en la raíz de tu tarjeta SD una carpeta que se llame APPS, y dentro de ella introduce la carpeta GeckoOS en la cual estarán los archivos boot.elf, icon.png y meta.xml que habrás descargado de wiibrew (este proceso es exactamente igual para cualquier aplicación que quieras ejecutar).
-Entra en el Homebrew Channel y ejecuta el GeckoOS.
-Carga tu juego importado de Wii o GCN.
En cuanto a los discos trucha, no soy un gran entendido, pero son juegos modificados gracias al programa trucha signer para, por ejemplo, poder incluir otras canciones en Guitar Hero, quitar la censura en Manhunt 2, cambiar la música al DBZ, etc. Tiene que ver con un bug del cual yo no te puedo contar más, porque desconozco en qué consiste, pero relacionado con la firma digital de Nintendo. En una Wii con chip este tipo de juegos se pueden cargar sin problemas hasta la versión 3.2, pero en la 3.3 Nintendo bloqueó el bug, aunque gracias al GeckoOS se pueden seguir cargando dese su menú.
Espero haber aclarado tus dudas.
Saludos.