Quizás te pueda interesar también probar con el Nero Recode, ya que realmente es el mismo programa que el dvdshirk, pero este si te deja quitar extras por completo sustituyendolos por un color de fondo o una imagen predefinida, lo malo de este método es que el color de fondo o la imagen que pone dura el mismo tiempo en pantalla que anteriormente duraba el extra y si esto son por ejemplo trailer de esos que hay antes de que empiece la peli pues es algo incómodo, eso sí el Nero Recode es un programa de Pago.
Y también se me está ocurriendo otra opción, además totalmente gratuita, te explico los pasos a seguir ya que el funcionamiento de cada programa es otra historia, voy a ver si me explico sin liarme mucho...
1º Copia todo el contenido del DVD al disco duro utilizando DvdDecrypter
2º Bajate el TitleSet Blanker es gratuito con el podrás quitar los extras sobrantes, creo que los sustituye por un cuadro negro de muy poca duración, puedes bajarlo de aquí:
http://shh.dvdboard.de/titlesetblanker.html
3º Después le metes el dvdshirk y ya solo tienes que comprimirlo sin preocuparte de los extras que no te interesan ya que no estarán por que los has quitado antes.
4º (Opcional) Bajate el Menú Edit, este programa sirve para quitar del menú original del DVD los accesos a las partes que hayas suprimido del mismo, para que no se pueda acceder a ellos, ya que no están. El programa tiene una versión gratuita y otra versión más completa de pago. Puedes bajarlo de aquí:
http://menuedit.dimad.net/download.shtml
Espero que te sirva de ayuda.
Saludos