Descuida por el tocho, ojalá todos los mensajes fueran tan claros sin tener que "interrogar" a la otra persona
Voy por partes:
1) El cable USB lo puedes conectar a un header USB 2.0 interno de la placa base (si las piezas son antiguas, probablemente tengas incluso varios de estos), es para controlar los leds, si no lo enchufas no pasa nada. Como veo que la placa es una Z490E te confirmo que tiene dos headers en la parte inferior.
2) En la placa tienes dos conectores de ventilador en la parte superior, CPU y CPU_OPT, que te recomiendo utilizar para la ENTRADA de ventilador de la Z63 (cualquiera de los dos, mejor el de CPU si el otro lo dejas libre), mientras que en las dos SALIDAS de ventilador es donde debes conectar los los ventiladores que trae. Si te gusta más conectarlos a la placa directamente y no usar el conector de ventilador, los puedes poner a CPU y CPU-OPT, pero entonces deberías preocuparte de hacer una curva de ventilador apropiada, ya que los controlará la placa base y no la bomba.
3) Para la gráfica, salvo que no haya otro remedio, es mejor usar dos cables individuales y no reutilizar el conector (tu fuente de hecho trae dos cables individuales con un solo conector si no me equivoco). La razón es que cuando se usan los dos conectores en el mismo cable, los pines del primer conector tienen que soportar su amperaje más el amperaje que va al segundo conector, hay algo más de caída de tensión, se calienta más de lo necesario, y en casos muy raros puede dar problemas de estabilidad. En principio no pasa nada, pero si tienes más cables, usa cables individuales.
4) Lo que supones de que alimentan la CPU es correcto, los 1-2 conectores de 8 pines (EPS) y 4 pines (ATX) son para el procesador. Si conectas uno solo no pasa nada (que sea el de 8 en este caso). Es bueno conectar los dos en casos de overclock MUY extremo en los que un solo conector (que aguanta 300W+ sin mucho problema) podría ser insuficiente. Todas las placas funcionan si solo conectas uno, sin problema además. Pero de nuevo, si te sobran cables, tampoco hay razón para no ponerlo. Con tu fuente si no me equivoco deberían venir dos EPS (de 8 pines) que se dividen en 2 de 4 como el que has dejado sin poner.
5) El cable de alimentación SATA, como no alimenta cosas que pidan mucha potencia, puedes usar el mismo para todo si así te es más cómodo, en este caso no hay mayor problema.
OJO: Aunque pueden encajar haciendo el bruto, asegúrate de que para la alimentación usas el cable correcto (que se divide en 2 de 4) y no un cable PCIe (que se divide en 6+2). Puede parecer una tontería pero es fácil liarla si no tienes experiencia con el tema.
Saludos