Pues lo mas normal es que el SATA de tu placa no sea compatible y por eso se cuelga o bien que los drivers del SATA no se entienda muy bien con el lector.
Una opción es desactivar los drivers SATA en windows pero claro, si tienes los discos duros conectados por SATA no lo puedes hacer, salvo que puedas montarte un XP en un disco duro aparte (por IDE) y arrancar con él para hacer el flasheo. En Jungleflasher
se puede hacer el flasheo por PortIO en vez de usar lo que te detecta el SATA.
Espero que te ayude.
Saludos.