Sí Zamorate, eso me pasó a mi tb en su día pero no recuerdo muy bien como lo solucioné. Prueba con -K (mayuscula) en lugar de -k al emergerlo. Si no es eso era un error con las rutas del comando de copia de los archivos del portage al disco duro que tenía el manual. En los foros de gentoo en ingles estaba comentado.