Automaticamente. Guardas como en un juego original y carga del mismo modo, tanto en GBA como en NDS.
En GBA, además tienes la opción de guardar y cargar tipo emulador; Es decir, con una combinación de botones (A+B+L+R) accedes a un menu donde eliges la opción de guardar (SAVE), y despues, cuando quieras cargar la partida solo tienes que acceder al mismo menu y elegir cargar (LOAD), y aparecerás en el punto exacto donde guardaste la partida.
Saludos