No me hagas mucho caso, pero si el parche está en un archivo *.ppf, has de parchearlo con un programa llamado PPF-O-Matic, que te parchea la imagen *.ISO sin necesidad de "descomprimirla" en una carpeta, simplemente te pide la ruta del archivo ppf y la ruta de la ISO que ya tienes creada, le das a patch y listo, te habrá parcheado la imagen sin necesidad de meterla en una carpeta y volver a hacer la ISO.
Hace mucho tiempo que no parcheo ningún juego, y por eso no tengo claro como se hará hoy en día, pero de los que parchee anteriormente se hacía asi.
Espero haberte sido de ayuda.
Saludos!