A lo primero, no. Hay que arrancar con un disco de PSX (para usar el MCLoader como p.e. el ps2menu y ya desde ahí arrancar aplicaciones instaladas en la Memory Card. También se puede con aplicaciones instaladas desde el Reality Media Player. Crea que hay una manera de instalar aplicaciones desde el PC con el adaptador de red, pero ni idea de cómo. Pero en definitiva, hay que arrancar el MCLoader con un disco de PSX o con el Reality.
A lo segundo, por ahora no. existe un Servidor FTP para la PS2, el ExecFTPs (que por cierto no he conseguido hacer funcionar, pero me imagino que por problemas de configuración de red), que es capaz de leer particiones de HDLoader pero no de escribir en ellas.