Veamos..., para un servidor web..., no hace falta tantas particiones.
Con / y /home vas sobrado vamos.
Backups..., rsync te permite programarlos por comandos, asi te quitas interfaz de encima.
El tema es que querras hacerlo sin interfaz web no?.
Pero si es para un server web, lo suyo es que hagas copias en red vamos, no en el propio HD, si casca, cascaria todo
.
Y creo que ademas buscas una time machine, creo que backintime (o algo asi creo que se llamaba) seria algo como lo que deseas ^^.
En tu caso yo programaria con cron mediante el CMS que uses, seria lo mas facil y efectivo en realidad para salvaguardar los cambios y tendrias un historial completo facilmente administrable y recuperable.
Si es un server pequeño, atencion que te mato... usa Dropbox (o semejantes) simplemente
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rsync es para sincronizar archivos, dd es copia raw de ficheros, tar es compresion de ficheros, partimage es copia de particiones en formato logico (no raw), clonezilla es una interfaz para backups/clonar/restaurar muy potente con todo tipo de opciones.