La GPL obliga a dar el código fuente en trabajos derivados. Si no se hace ningún cambio en el código o no se incluye dentro de otro "proyecto", y sólo se utiliza el "binario" resultante de compilar el código fuente del proyecto... lo que hagas con él es cosa tuya.
En este caso, los de Quake 4 lo único que han hecho ha sido compilar el programa y cambiar los ficheros de configuración para que aparezcan en el instalador referencias al juego, y que los paquetes a instalar sean los del juego.
¿esto es un trabajo derivado? A mi forma de ver no. Es utilizar el programa, que es para lo que se hizo. Los ficheros de configuración, en este caso, están fuera de la licencia ya que son usados por el programa, y no son necesarios para obtener este.
Es como si todas las imágenes que hicieramos con GiMP tuvieran que ser libres.
Habría un problema si los archivos de configuración fueran "scripts" que hicieran uso de una API interna del programa para realizar acciones: entonces serían parte del programa, y la GPL obliga a liberarlo todo. En este caso, se le pasa un fichero de texto y es el programa quien lo interpreta y utiliza.
Saludos.
Edito
¿No sería mejor (si se quiere que se pueda empaquetar software propietario) una licencia LGPL para este software?
Aunque puede haber quedado claro con la anterior respuesta, te contesto a esta pregunta también:
La LGPL fué creada para aquellos proyectos libres que desean ser utilizados en conjuto con otros propietarios. Por ello, el mayor uso de esta licencia es destinado a librerías: los programas propietarios las "llaman" dinámicamente, pero no las incluyen dentro de si mismos. En el caso del Quake no haría falta... porque es el programa de instalación quien llama a los ficheros "propietarios" (o libres según el caso).
Resaludos!
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