El trim lo que hace es quitar informacion inutil de la rom.
Los chips de memorias tienen capacidad en base 2, es decir 2Mb, 4Mb 8Mb, 16Mb, 32Mb, 64Mb, 128Mb. Imaginate que haces un juego que ocupa 74Mb, entonces a la hora de elegir chip de memoria tendras que usar el de 128Mb ya que el de 64Mb se queda corto. Lo grabas y entonces el juego funciona, pero los 54Mb que sobran del chip se quedan vacios (es decir con todos los bits a 0). A la hora de hacer un backup de la rom lo que se hace es leer todos los bits del chip, incluidos los 54Mb adicionales que sobraron ya que no se sabe con seguridad el tamaño exacto de la rom.
Al usar los programas que hacen trim, lo que se hace es detectar esa informacion adicional que no sirve y eliminarla para ahorrar espacio, pero el juego sigue estando al 100% ya que no se elimina ninguna informacion necesaria.