El asistenmte de instalacion del sistema operativo [el que sea] crea una serie de carpetas donde copia y ajusta los archivos requeridos para que funcione el sistema operativo, ademas en un area especifica del disco duro crea unos archivos que son el administrador de arranque, estos son los archivos que busca el BIOS cuando termina de hacer el autodiagnostico POST de la PC.
No solo es borrar por borrar, lo mejor es formatear el disco duro, luego solo metes el MEDIO [CD, DVD o memoria USB o disco duro externo] donde esta el instalador del nuevo sistema operativo que quieres instalar.
Amen de que puedes instalar diferentes sistemas operativos, pero siguiendo el orden de:
Primero windows, si vas a instalar diferentes versiones de windows primero se instala la version mas vieja, y al final la mas reciente.
Segundo Linux o Solaris, si es que vas a usarlos junto con windows, e igual se instala siempre la version mas vieja y al final la mas reciente