Hola, espero saber contestarte bien todas las preguntas ^^
1- Tu puedes tener el mismo Mii como principal en ambas, pero seguirán siendo dos consolas diferentes, es decir, cada una con sus partidas guardadas diferentes, juegos y cuenta de la eShop (que de momento sigue siendo por cuenta, y no por usuario como debería ser...), de la misma forma que si quieres un juego de eShop en ambas tienes que comprarlo dos veces.
2-Al igual que he dicho antes, como cada una tiene sus partidas guardadas independientes, tendría su propio rescate Mii y cromos.
3- Sí, te puedes cruzar contigo mismo si tienes el mismo Mii en ambas consolas xD