veamos tu tienes que usar el zapper sobre la imagen del cd en formato .bin,en ningun momento tienes que renombrarla.
en el readme del popstation gui creo que pone que al usarlo para pasar de pal a ntsc puedes tener errores graficos,asi que usa el zapper que tampoco es mu complicao
aunque el juego esté convertido a ntsc tienes que centrarlo o usando unos valores determinados para cada juego en el zapper o modificando el bin con un editor hexadecimal, busca ''centrado'' o centrar y t saldrá casi seguro, y de camino informate de como cambiar la identificacion del guardado ,para que tus partidas no se sobreescriban si emulas varios backups de psx,aunque creo que con el popstation gui nuevo ya se puede hacer eso.