También lo que podrías hacer es copiar dos veces el backup con otro nombre, así podríais jugar los dos y mantener vuestro codigo de amigo (en los casos de juegos con codigos). Por ejemplo:
Hermano 1 - Juego.nds ---> Hermana 1 - Juego.sav
Hermana 2 - Juego.nds ---> Hermana 2 - Juego.sav
Como el save y el juego utilizado es diferente, cada save contiene los datos de la consola del hermano en cuestion.
Espero haberme explicado. Saludos!!