En la página del Wiikey tienes el disco de configuración de la versión 1.9s
Lo que no sé es si el mismo disco de actualización de la 1.99 BETA una vez actualizado el chip si lo vuelves a meter te sale la configuración. Como no lo he probado no lo puedo confirmar.
De todas maneras para jugar al NSMB con actualizar la consola, el chip y tener una copia 1:1 te vale, no hay que tocar la configuración del chip.