Lo hago de memoria porque no tengo aqui la DS, pero quizá te quedes con la idea: grabas la rom del mario kart, te hara un save, pues bien coges y clickeas en la rom desde el m3 manager y te saldrá el menú de los saves, ahora le das al boton "write" y seleccionas el save que te has bajado y meterá la información de ese save en la original.
El menú de saves es un poco lioso, preo una vez que le coges el truco es perfecto.