Una aclaracion.
No existe el formato MKV, lo que si existe es el contenedor MKV, lo mismo el contenedor AVI, MP4, FLV, MPG, etc. Formatos de videos son h264, VC-1, MPEG-1/2, etc.
De tu pregunta, no... no hay forma de asociar al audio. Todo dependera de como este configurado tu reproductor, si pones que use el audio y subtitulos marcados en el contenedor como "default track" siempre los usara por defecto y tendras que activar o desactivar o elegir el audio y subtitulos de manera manual.
La idea no es mala, pero habra que darsela a los desarrolladores del contenedor matroska -matroska video [MKV] y matroska audio [mka]- junto con los desarrolladores de los reproductores para que lo implementen como parte de las especificaciones de este gran contenedor -matroska-.