Necesitas un programa para PC llamado ndstool, que te permitirá desempaquetar el .nds para poder editar los archivos con un editor hexadecimal (que tendrás que buscar a parte) y luego crear el nuevo archivo.nds
Por algún foro de aquí cerca había un hilo para extraer el sonido y cambiarlo por otro, que quizás pueda servirte.