Yo uso los perfiles que trae handbrake y lo paso a un formato que sea compatible con iPhone (A.K.A. iPod Touch) (de hecho, el propio handbrake ya tiene ese formato y no recuerdo exactamente la extensión que coje, creo que era m4v o algo así ). Cuando grabo de la tele con eye tv, siempre me gusta pasármelos para verlos en el iPod Touch, por tanto, la opción de calidad no es la máxima, pero luego le puedo quitar los anuncios en el iMovie.
Haz una prueba con un video en cualquier formato corto (tipo de los que bajas de youtube) y pásalo a diversos formatos hasta que des con uno que te acepte iMovie y que tenga suficiente calidad. (Así no te tirarás horas esperando que finalice la conversión)
Espero haberte ayudado.
Saludos