Lo mas cercano que conozco es el ktoon, puede exportar flash pero solo sirve para hacer animaciones, nada de menus ni cosas por es estilo por lo que es basicamente lo mismo que en synfig.
PD. he echo una busqueda rapida y me an salido http://f4l.sourceforge.net/ y http://qflash.sourceforge.net , los cuales estan abandonados a favor de uria pero tras el abandono de este, el unico que parece algo activo es el f4l.
