O no estabas muy atento en clase, o tus profesores son muy parcos en palabras.
haripoter seguro que te lo explica mejor, aqui va un adelanto. La idea de la protoboard es esta:

Las filas de arriba y abajo estan cortocircuitadas, porque suelen ser para alimentaciones y masa, mientras que en la parte central estan cortocircuitadas las columnas y es donde implementas tu circuito.
Entonces la idea de una protoboard es que te ahorras muchos cables, a parte de que puedes pinchar directamente los circuitos integrados con encapsulado SIP/DIL.

Lo suyo es que pongas un componente, y pienses donde poner el siguiente de forma que te ahorres cables. Por ejemplo el diodo iria de una columna a otra. En esta segunda columna en otra fila pinchas una pata de la resistencia, y la otra en otro columna, donde pinchas una pata de la bombilla, etc...