Buenas,
¿Riesgos? Más bien todos. Lo que quiere decir ese mensaje es que cualqueir programa, o tú mismo, puede hacer CASI TODO porque el sistema operativo está configurado para habilitar permisos de superusuario a cualquier aplicación.
Por ejemplo, con un explorador de archivos serías capaz de eliminar archivos del sistema, o una aplicación maliciosa podría hacerlo sin que te dieses cuenta .... si no fuera porque, normalmente, supersu o similar van a mostrarte una ventana de autorización para que seas consciente de ello y tengas la oportunidad de denegarlo. De hecho, algunas aplicaciones no funcionarán en absoluto o funcionarán en modo "degradado" si no les concedes permisos de superusuario (por ejemplo, Titanium Backup).
En definitiva: mientras sepas lo que haces, y no concedas permisos de superusuario sin ton ni son a las aplicaciones, no debería suceder nada.
