Lo de pasar las roms te refieres a pasarlas por ftp no? Supongo que será porque lleva caracteres raros o nombres muy largos. Será lo mismo que pasa con XBLA descomprimidos como el Walking Dead o el Wolf Among Us que lo has de jugar por usb si están modificados con lo de las traducciones.
No sé si renombras las roms si te las pillará, quizas el emu llevé algun archivo con una lista de roms o algo así. No sé tio, no piloto mucho de emus.