Por partes, el FF DoS salva en flash, y el Metroid en sram.
Tienes 2 opciones, la 1ª y más sencilla, invertir el orden de los juegos, si pones 1º el Metroid y después el FF ya deberían salvar los 2 sin problemas, los saves sram tienen la "mala costumbre" de ponerse siempre al inicio del espacio de los saves, sobreescribiendo todo lo que cojan por delante.
2ª opción, usar algún programa del tipo "srampatch" y parchear el metroid para que su save también sea del tipo flash. Si usas la busqueda avanzada podrás encontrar ese programa u otros cuya función sea similar.