Pues... no sé cómo será en otras distros, pero al menos en debian, puedes elegir de dónde vas a cargar los archivos para la instalación del SO (núcleo), que parece que es cuadno surge tu problema. Ahí creo recordar que le puedes indicar cualquier unidad de tu ordenador, pero a ver si alguien te lo confirma mejor que yo, porque como por defecto viene el CDROM, no lo miré demasiado.
Salu2!