Ignoro la parte que corresponde a las roms, pero el objetivo de MAME, como ejecutable, es preservar de forma digital las rutinas originales de las placas base.
Y no van a entrar en valorar si un juego de Mahjong es más o menos bueno que otro.
Sin querer meteme en un jardín, lo que creo que ocurre con los juegos 3D es que otros emuladores utilizan atajos para reproducir juegos. Atajos que permiten optimizar la velocidad del mismo.
Incluso creo que ha llegado a ocurrir que para una versión de MAME un juego funcionaba y a la siguiente no, probablemente porque se dieron cuenta que internamente no estaba siendo fiel la emulación.
A la inmensa mayoría de los emuladores le interesa lo que muestra dicho emulador al usuario. A MAME le interesa lo que le pasa por dentro a dicho emulador. Sencillamente, son filosofías distintas.
No recuerdo haber utilizado MAME para juegos 3D nunca. E incluso al inicio, con juegos 2D, se tiraba de alternativas. Para CPS3 recuerdo Nebula, y para Neogeo Neorage.