Veamos... te enfrentas al team aqua y team magma, el team magma tiene una guarida en la montaña de lava, puedes cazar a groudon y kyogre en las cuevas que se desbloquean al pasar la liga pokemon, hay muchos más combates a dobles de hasta 6 pokemons rivales, los lideres de los gimnasios y de la liga pokemon tienen más pokemons/pokemons distintos, el lider de la liga pokemon es tú rival, y el antiguo lider pasa a ocupar el puesto de "rojo" (ash en pokemon plata/oro/cristal), con sus pokemons en nivel 85 (creo recordar); vuelve otra vez el sistema del movil y sus llamaditas de los entrenadores, puedes escoger entre cazar a latios o a latias, hay 3 nuevas islas "ocultas" donde puedes coger a Lugia, ho oh, deoxys y cazar un mew en nivel 30:); tras pasar la liga pokemon el profesor te da otro pokemon de los iniciales antíguos (charmander y compañia/torchic y compañia), los campeonatos de belleza se celebran en un solo lugar, los demás pasan a ser zonas de práctica para probar tu técnica, la zona safari sufre una ampliación para que puedas cazar pokemons antiguos.
Buf, viendo los cambios así juntitos parece que hay un saco de ellos:D.
PD: como era de esperar, cambia la historia, el diseño de los personajes principales