Si has actualizado a la 4.0 oficial sin instalar nada más, es normal que no te funcione. Seguramente los backups de los juegos que dices estan parcheados (trucha) y por ello no funcionan (dado que con la actualización, los caparon).
Si es ese el problema, tiene solucion:
1) Puedes volver a hacer las copias 1:1 y te funcionarán sin problemas.
2) Puedes usar el hack de bannerbomb para instalar Homebrew Channel y lo necesario para que puedan funcionar truchas en 4.0.