A mi me pasó similar jugando al WiiSports, se me agotaron las baterías mientras estaba seleccionando a mi Mii y tuve que cambiarlas. Al colocarle las nuevas baterías, solo parpadeaban los leds pero el Wii no me reconoció el mando, presioné el botón HOME en otro de los mandos para entrar al menú de configuración de mandos pero ni así me lo reconoció, lo que tuve que hacer fue apagar la consola y prenderla nuevamente pero con este mando.
Si ni así se soluciona, pues trata de sincronizarlos como le hiciste la primera vez.