Esas carpetas se suelen crear al instalar alguna actualización o algún componente del .NET Framework y por alguna razón que desconozco no se borran.
En principio no afecta a nada, no son dañinas y se puede borrar con toda tranquilidad. El asunto es que por temas de seguridad (creo) la instalación del componente establece unos permisos específicos a esa carpeta para evitar modificaciones indeseadas, y eso es lo que evita que si el programa falla al borrarla tu no puedas borrarla. Te faltan los permisos para ello.
Para solucionarlo tienes que añadirte los permisos. Botón derecho a la carpeta > Propiedades > Ficha Seguridad > Opciones Avanzadas. Cambia ahí el propietario y añade tu nombre de usuario o establece "TODOS" (sin comillas), luego agrega permisos de control total a tu usuario o a "TODOS" y marca la casilla "Reemplazar todas las entradas de permisos de objetos secundarios por entradas de permisos heredables de este objeto". Con eso se añadirán los permisos necesarios a la carpeta, subcarpetas y todos los archivos y podrás borrarlos tranquilamente.
