El primer problema solo lo solucioné usando Tuneskit for windows, es una app pensada para ese fin.
Es una app de "pago" pero buscando bien la puedes conseguir en el mercado underground. Como particularidad, esta herramienta entrega un mp4 sin DRM sorprendentemente rapido, no como otras APPS que se valen de algun truco para grabar o capturar la pantalla en tiempo real, ( este proceso por lo general falla, ya que el DRM de apple viene con una proteccion HDCP que impide que captures pantallazos o el video en si ).
Ahora, respecto a lo que me dices....checaré el hilo donde explicas el proceso.
Lo primero que vi es que el video original está como a 23,976 fps fps, lo he revisado en el vegas en diferentes puntos y parece sincronizado , sin embargo, al rendirizarlo como mp4 veo que el audio queda desfasado. Miraré las propiedades del audio a ver si puedo mover los parametros de los fps.
Una pregunta, esto no lo puedo hacer con AVI DEMUX?