Pero si he entendido bien, la consola ya es embajadora no? Si es asi solo tienes que entrar en la tienda e ir a programas descargados y descargarlos de nuevo.
Yo compre una 3ds de segundamano y borre todo hasta dejarla como si la abriese por primera vez y cuando entre en e-shop fui a configuracion/otros y ahi dentro en programas descargados tenia todos los programas que habian sido descargados por el dueño anterior y yo solo elegi los que quise.
asi que yo creo que puedes descargarlos incluso despues de haber borrado todo.