No hay problema alguno si haces bien los empalmes y los aislas correctamente.
Ni te imaginas la de máquinas bastante más complejas que un chip de wii rulando con "cienes" de empalmes guarros.
Procura que los cables tengan el mismo grosor, usa estaño para hacer el empalme y que este sea fuerte y usa macarrón termorretráctil para aislar, cortas un poquito, metes el cable por él, lo pones a la altura del empalme y acercas un mechero; empalme perfecto.
La funda termorretractil vale 2 duros y las venden en cualquier tienda de electrónica, y a mi también me parece mejor idea empalmar los cables que desoldar y volver a soldar la placa.
Saludos y suerte.