La verdad es que el emu de n64 tiene poco secreto. No se puede configurar nada. Lo único que puedes hacer es cambiar la rom que viene con el GCM-Tools, grabarlo en un DVD y cruzar los dedos para que vaya (que en la inmensa mayoria de los casos, va a ser que no).
Aunque por lo que tengo entnedido, si utilizas el Phoenix para cargarlo via LAN tienes bastantes más posibilidades de que funcione.
En mod-that-cube tienes tutoriales de como hacer funcionar todos los emus para GC.