La verdad es que seria interesante hacer una pequeña recopilación de toda esta documentación...
Para SNES recomiendo sin dudar SnezziDS, aunque no he conseguido guardar la partida aún. Consulte en el POST oficial del desarrollador y me recomendaron que usara el modo QPC de una manera sencilla: Jugar. Cuando quiera salvar la SRAM, apgar la consola y acceder a modo GBA, dirigirme al archivo en Saves y guardar la partida.
Para NES te recomiendo que uses el emulador incorporado. La release oficial del NesDS (emulador perfectamente funcional y bonito) funciona a full-speed, pero el emulador es single-rom y no tiene save file. Hay una release no-oficial que se puede encontrar el la BBDD de DSOrganize muy bonita, pero que no es posible parchear el libfat (o no he sabido cómo), esto significa que cualquier escritura en la MicroSD resultara con una destrucción del sistema de archivos de ella.
Para PC Engine creo que no hay nada, así que voy tirando del emulador incorporado en SuperCard Lite.
Para MegaDrive/Genesis solamente esta PicodriveDS que funciona de forma muy agradable, sin una totalidad de velocidad y sin sonido.
Los dos emuladores que he probado de Master Sistem han tenido resultados muy decepcionantes. Quizas DSMasterPlus es el que más me ha satisfecho, aunque emulando el juego de los Power Rangers funcione más lento que el emulador integrado en SuperCard...