Hombre... Pues igual bastaría con que los emuladores soportasen ser ejecutados con parámetros. Así el "lanzador universal" sólo tendría que saber las carpetas de los respectivos emuladores y y pasarles la ruta de la ROM que se debe ejecutar en el inicio.
Tratándolo como un frontend externo, los programadores de cada emulador no tendrían que programar nada extraño para que esto fuese factible.