Para NDS existe un emulador llamado DSBoy, cuya pagina puedes ver
aqui. Salió solo una versión hace bastante tiempo, y es bastante lento e incompatible asique no te recomiendo probarlo.
Para GBA (y compatible con NDS, of course) existe el Goomba y su evolución Goomba color (emuladores de GB y GBC respectivamente). Parece que el proyecto estaba parado, hasta que hace unas semanas Dwedit se puso a trabajar en él para mejorarlo, actualmente funciona bastante bien, y va sacando versiones nuevas cada poco mejorandolo bastante, ya emula Super GB y GBC, con pequeñas ralentizaciones cuando hay movimiento en pantalla, pero el resto del tiempo 100%, ah, ¡y con sonido!
Aqui puedes seguir los avances del Goomba Color y bajarte la última versión. Para compilarte el ejecutable .gba necesitaras
este programita.
Parece ser que dentro de poco se ocuparán en portar el Goomba a NDS, pero de momento, solo GBA.