Sobre el tema del mando, puedes intentar afrontarlo por otro lado, quizá un programa que convierta el mando en pulsaciones de teclado.
Tambien hay programas y emuladores antiguos que puede que requieran ejecutarse como administrador para funcionar bien.
De todas formas de ZSNES en su foro se hablaba la semana pasada de la próxima salida de una versión 1.53 con algunas mejoras, entre ellas su paso de Directdraw a OpenGL, mejoras en juego en red, mejoras en sonido, pero que no lo han sacado aún por problemas con algunos juegos de los populares que antes no fallaban, es bueno saber que ahí están aún con el emulador.
Parece ser que sus esfuerzos mayormente y a largo plazo están en una version 2.0 con grandes arreglos, nueva interfaz, chip SA-1 bien emulado (dicen que está roto actualmente) y eliminar codigo antiguo para facilitar que el codigo sea portable, puede ser muy interesante.