Mejor la versión de la eshop (o wad), que te permite continuar por donde vayas.
Si quieres mas, pues le metes el mame o retroarch.
Una ROM es una copia del juego original, y un emulador es el programa que hace que funcione.
Mame tiene una base de datos con la que obtienes información del juego, de la máquina en que corría, etc.
Eso si, es muy recomendable un mando clásico, ya que con el wiimote la experiencia de juego no se acerca a la original.