Mas que nada es por problemas de memoria. Con los 16 mb de la DC, pocos juegos de la NeoGeo podrían funcionar, aunque hace poco vi el blazing star que según leí necesitó de una basta programación para que pudiera funcionar.
La nintendo DS al usar cartuchos (o en este caso SD) tiene acceso directo al juego en milesimas de segundo. Es decir, si el juego es de 128mb, en pocos segundos cargará los datos que necesita. Pero, en una DC con 16 mb de ram, tendría que estar accediendo constantemente al CD para cargar los datos, lo que lo haría bastante pesado de jugar y bastante lento.
... aun asi, tampoco es para quejarse, que la scene de DC es bien amplia, surtida y lo que es mas importante, bonita 
