Hombre, normal que no esté la 2.12b, pues era una beta del 2.12 xDDD. Ahora está la 2.14, como bien dices (tengo que bajarla), y si no te reconoce el mando, mucho me temo que no puedes hacer nada, salvo lo que te comentaban del Joy2Key.
Bueno, sí que puedes hacer algo, pero no es una solución satisfactoria (económicamente), y sería comprar un mando nuevo. Puedes mirar de comprar un mando de Xbox 360 con cable USB, ya sea en alguna tienda o aquí en el foro. El mando es 100% compatible con DirectX, funciona perfectamente con el Gens y el MAME, y es una gozada lo bien que va en Güindous. Por 25 euros como mucho lo puedes conseguir aquí en el foro.
PD: Supongo que el mando lo tendrás configurado en Windows y habrás probado a hacer la configuración de botones en el Gens, ¿no?
PD2: Y sí, el Gens va de maravilla xDDD.