Yo uso tanto el Kega como una versión no oficial del Gens llamada Gens Movie.
El Kega me gusta más como emulador, pero suele grabar en un formato que luego hay que modificar aparte (con un programa tipo Virtualdub), como ya te ha dicho kume, puesto que no es compatible con Youtube.
El Gens te permite escoger el formato, y para mí es más cómodo, ya que puedo grabar directamente en AVI. Al final suelo usar el Kega para GameGear y Master System y el Gens para Megadrive.
Una cosa que se me olvidaba, es que a lo mejor el vídeo grabado da problemas de sincronización (a mí me pasó con el Indiana Jones). Ahora mismo no sé decirte si se puede corregir con el emulador, pero con el Virtualdub es muy sencillo arreglarlo, simplemente ajustando vídeo y sonido.
Por curiosidad, ¿qué juego es? Yo iba a hacer uno del Splatterhouse 2 en modo Game Master, pero es que apenas tengo tiempo ya, y tengo otras cosillas pendientes que aún no he conseguido grabar.