Según mi experiencia actual hay dos formas de hacerlo:
1º Para roms de NES o Game Boy / Color puedes meter los emuladores (pocketnes.gba y goomba.gba) y las roms (en formatos .nes, .gb o .gbc según sea el caso) a pelo, esto es, copiándolos a la raiz de la tarjeta de memoria sin pasarlos con el Game Manager.
2º Para todos los especificados en la caja, pueden meterse las roms con el GM en formato nativo utilizando el WRITE GBA y ya se encarga el GM de pasarlas a extensión .gba
A mi en este segundo caso me daba error, pero era culpa de la versión del Game Manager que utilizaba. Ahora que lo he actualizado, utilizando la 26 ó 27 va sin problemas.
En ambos casos hay que arrancar la consola en modo GBA y lanzar directamente la rom (en el primer caso, si el M3 no detecta el pocketnes o el goomba en su raiz da error).
Si vas a utilizar roms de NES/GB/GBC es preferible hacerlo con el primer paso ya que, como han comentado algunos, los emuladores integrados no son muy allá