A cada "sistema" le indicas el emulador a usar, la carpeta de roms, y usa una lista con su mismo nombre.
Solo necesitas varios mame si quieres ajustes distintos, por ejemplo con y sin scanlines.
Puedes tener varios sistemas que usen el mismo emulador, pero las imágenes y vídeos que muestra tienen que estar en la carpeta asignada a ese sistema. Es decir, o duplicas o haces enlaces virtuales desde windows.
También puedes poner las compañías dentro de géneros. Cada género usa los datos del sistema menos la lista, que es propia suya.
El tema de listas es muy estricto, y o te generas tus propias listas con programas externos, o dependes de listas ya creadas.
Ya que estás empezando, te recomiendo que pruebes otro como Attract Mode, que defines con filtros lo que quieres ver en cada momento, y te permite ordenar por otros campos como año, compañía, número de jugadores, etc.