Bueno, el PGen y el Snesstation sí que tienen una versión que soporta la carga de roms tanto desde el disco duro como a través del USB (Bueno, no estoy seguro sí el PGen soporta HDD, pero sí USB). Lo que ya no sabría decirte es sí rula con un HDD externo, porque yo uso uno interno:
http://www.sksapps.com/index.php?page=emus.html
Por otra parte, sobre lo del HDLoader... Creo que precisamente funciona solo con HDD interno, pero mediante el HDloader puedes:
-Crear una imagen iso PS2 con emu+roms e instalarla en el HDD
-Crear una imagen iso PS2 con emu+roms y grabarla en DVD/CD
-Crear una imagen iso PS2 solo con el emu, instalarla en el HDD y cargar roms que estén en el HDD, en un Pendrive o en la Memory Card.
A mí esto no me funcionó.. (Algo haría mal)
Lo que hice fué cargar el elf con el Ulaunchelf y meter las roms en un pendrive o en el HDD, y así sí que rulaba.