Lo que te puedo recomendar y solamente funciona en los juegos de GBA (Modo seguro) es esto:
#1 pasa tu save a un cartucho flash con la rom correspondiente al juego que estas usando (si no lo tienes que esperas)
#2 intercambialo con el juego original
#3 ya con esto lo puedes pasar hasta el NGC
Fuera de esa solucion no se puede ya que (Creo yo) no hay dispositivos que permitan esas acciones (Y menos con Pokemon)