Como te han dicho los .elf debes correrlos desde el xell, arrancando la consola mediante el boton de eject, y teniendo los archivos en una usb y respetando el nombre de la carpeta donde vienen (el xenon.elf debe estar en la raiz de la usb), no hay forma de que los .elf te los reconozca el FSD y los muestre
La forma mas comoda quizas para ejecutar los .elf, es lanzarlos desde el dashlaunch, ahi hay una opcion para correr un elf o xex, es un poco engorroso pero es lo que hay.
Lo que yo hago para poder tener varios elf en una usb, ya que todos se llaman xenon.elf y no se puden tener todos en la raiz de la usb a la vez, es meter el respectivo xenon.elf que corresponde a cada app o emulador
Como ejemplo, el mupen lo tengo asi:
En una usb tengo la carpeta mupen64-360 con todos los archivos del emulador, lo que hice fue meter dentro de esta carpeta el xenon.elf respectivo, y asi hice con el mplayer, pcsxr, etc solo es de respetar las carpetas tal cual vienen al descargarlas.
Espero haberte aclarado un poco y no haberte liado mas